质控

移动文件

建立索引

比对

• -p: number of processors / cores 处理器/核心数量

• -q: reads are in FASTQ format 读取内容为 FASTQ 格式

• -local: local alignment feature to perform soft-clipping 执行软剪裁的局部对齐功能

• -x: /path/to/genome_indices_directory

• -U: /path/to/FASTQ_file

• -S: /path/to/output/SAM_file

Peaks Calling

Bam转bw

利用deeptoos的bamPEFragmentSize统计片段长度

ChIP peaks 覆盖图

Heatmap of ChIP binding to TSS regions

与 TSS 区域结合的 ChIP 峰的平均轮廓

可视化基因组注释

富集分析

MEME寻找motif